techniki 27.11.2014
RNA.RNA. Robi tupu tup bo to RNA.
PLIMERAZY RNA
· bora udzial w syntezie RNA na matrycy DNA - transkrypcji
· sa tworcze - niczego nie niszcza
· synteza zachodzi od konca 5' do 3'
· musza miec scisle zaznaczoy poczatek transkrypcji, koniec - niekoniecznie
· wymagaja obecnosci dUTP
· glowne etapy przebiegu transkrypcji:
o niespecyficzne wiazanie z DNA
o poszukiwanie promotora genu
o zwiazanie z promotorem genu
o rozplecenie DNA (transcription buble)
o synteza RNA - na nici antysensownej
o teminacja syntezy "naturalnie" przez utworzenie sie struktury spinki do wlosow lub pprzy pomocy faktora rho
*nic sensowna jest odzwierciedleniem kod bialka
- sekwencja konsensusowa - spaja wszystkie inne, jest wynikiem usrednienia tego co wystepuje we wszstkich innych niciach najczesciej - hamulec RNAz
miejsce +1 - miejsce strartu transkrypcji
miejsca na "-" - miejsce promotora genu, mierzone od miejsca startu transkrypcji
POLIMERAZY RNA - procaryota
· RNA polimeraza E.coli
o holenzym zlozony z 4 podjednostek (gwarantujacych elongacje) i 1 podjednostki niezbednej do inicjacji transkrypcji:
§ alfa - skladanie enzymu
§ beta - podjednstka katalityczna
§ beta' - wizanie DNA
§ omega - utrzymywanie aktywnosci enzymu
§ sigma - rozpoznawanie promotora
§ rho - faktor odpowiedzialny za rozpoznanie terminacji - opcjonalna
o po rozpoznaniu promotora genu syntetyzuje singe strand RNA do sekwencji terminatorowej; wymaga Mg2+
o w labolatorium zawsze uzywamy polimeraz prokariotycznych
· RNA polimeraza Faga SP6 9
o produkowana przez Salmonella typhimurium LT2 zakazona fagiem SP6
o pojedynczy polipeptyd 96kDa
o polimeraza rozpoznaje tylko promotor SP6
o "produkuje" osmiokrotna ilosc RNA w stosunku do DNA - ma duza moc
o nie przerywa transkrypcji przy nacieciach matrycy
o wymaga Mg2+
· RNA polimeraza faga T3
o produkowana przez zrekombinowane plazmidem pCM56 E.coli zawierajace gen polimerazy T7
o pojedynczy polipeptyd 98kDa
o polimeraza rozpoznaje specyficznie promotor T7 (plazmidowy)
o "produkuje" trzydziestokrotna losc RNA w stosunu do matrycy DNA
po co takie dziwe polimerazy?
- w specyficzny plazmid z miejscem otwartym mozemy dodac "insert", czyi gen jakiegos konkretnego bialka - chcemy zbaczyc jego RNA,
- te polimerazy zredukowane nie sluza do zadnych naturanych procesow
POLIMERAZY RNA - Eucaryota
· zbudowane sa z minimum 12 podjednostek
· RNA polmeraza I
o geny kodujace rybosomalny RNA
o strukturalne skladniki rybosomow
o kodowane przez zespoly genow tworzacych jaderka
o potrzebne w bardzo duzych ilosciach
· RNA polimeraza II
o geny kodujace bialka
o syntetyzuje RNA na matrycy genow kodujacych biaka
o aktywnosc regulowana przez sekwencje TATA box, elementy regulacyjne i enhacery (aktywatory transkrypcj)
o mRNA powstaje z transkryptu w wyniku dojrzewania
· RNA polimeraza III
o geny tRNA i 5sRNA
o promotory da tej polimerazy znajduja sie w orebie sekwencji kodujacej
· Polimeraza mtRNA
o produkowana w j komorkowym i transportowana do mitochondriow
o sklada sie tylko z dwoch podjenostek: sigma oraz poodjednostki indentycznej z RNA polimeraza T7
xkathyx249